По месту регистрации, если хотите регистрировать в другом регионе, делайте регистрацию по месту пребывания (так называемая в народе временная прописка). В законе 129-ФЗ указано либо место жительства (формально, это прописка), либо место пребывания (это, то о чем я писал, временная регистрация).
А вот если я прописана в Москве, живу в другом регионе, куда мне идти регистрировать свою компанию?