Подать заявление о переходе на ЕНВД нужно в течение 5 рабочих дней со дня начала его применения (п. 6 ст. 6.1, п. 1, 3 ст. 346.28 НК РФ). Какой день можно считать днем начала применения ЕНВД, в Налоговом кодексе не разъясняется. Очевидно, что перейти на данный режим можно не раньше, чем у вас появятся физические показатели, необходимые для расчета налога. До постановки на учет в качестве плательщика ЕНВД вы можете применять либо общую систему налогообложения либо упрощенную (в случае применения УСН необходимо подать соответствующее уведомление). И соответственно декларации за 2016 г. вам нужно будет подавать либо по НДФЛ, либо по УСН в зависимости от применяемого режима.
А если я в конце года только открою юр лицо, а договор аренды (физ показатель) заключу с начала...