Если уведомление отправлять 3 числа, как успеть начислить заработную плату за предыдущий месяц....

Вы подаете уведомление не по начислениям, а по выплате. Вы же удерживаете ндфл при выплате, вот его и показываете.

Согласна, они не думают о людях, которые будут работать, по установленным ими, правилам.
Все запутывают, усложняют, отчетности все больше и больше, в отпуск не сходить. Мы считаем НДФЛ в ручную, программа не считает, вся перекосилась от установленных обновлений еще в прошлом году.. Ни одного доброго слова в их адрес не могу сказать.