Должны ли подаваться уведомления о контролируемых сделках по внешнеторговывым операциям...

9. Для целей настоящей статьи сумма доходов по сделкам за календарный год определяется путем сложения сумм полученных доходов по таким сделкам с одним лицом (взаимозависимыми лицами) за календарный год с учетом порядка признания доходов, установленных главой 25 настоящего Кодекса. При определении суммы доходов по сделкам федеральный орган исполнительной власти, уполномоченный по контролю и надзору в области налогов и сборов, для целей настоящей статьи вправе проверить соответствие сумм полученных доходов по сделкам рыночному уровню с учетом положений главы 14.2 и главы 14.3 настоящего Кодекса. В случае, если лицо, получающее доход по сделкам, не исчисляет налог на прибыль организаций в соответствии с главой 25 настоящего Кодекса, используется величина суммы доходов по таким сделкам, определяемая расчетным путем с учетом порядка, установленного главой 25 настоящего Кодекса, с применением метода начисления.

Последнее предложение как раз Ваше. это п. 9 ст. 105 14 НК РФ.

ст. 271 НК РФ
3. Для доходов от реализации, если иное не предусмотрено настоящей главой, датой получения дохода признается дата реализации товаров (работ, услуг, имущественных прав), определяемой в соответствии с пунктом 1 статьи 39 настоящего Кодекса, независимо от фактического поступления денежных средств (иного имущества (работ, услуг) и (или) имущественных прав) в их оплату.

Таким образом лимит доходов учитываете только в 1 случае.