От суммы это не зависит, а зависит от своевременной сдачи отчетности и уплаты налогов. Также подозрения вызовет частое снятие наличных, нечеткое описанное назначения платежа. Факторов много и сумма здесь не первостепенна, могут заблокировать и при 40 000 руб.
При какой сумме происходит блокировка счета для ИП? Сотни тысяч? Миллионы?