В апреле и мае подала уведомление по страховым взносам и 6-НДФЛ. А в июне заметила, что в 1С не...

Да, пока Вы не сдали расчет по взносам, Вы можете отправить корректировочное уведомление. В нем не нужно отражать НДФЛ, если по нему все передано верно. Что касается задвоения, то как я понимаю, такие случаи были, жалобы во всяком случае на нашем форуме и сайте я видела. Тем не менее порядок, установленный ФНС для сдачи уточненного уведомления следующий: если допущена ошибка в поле «Сумма налога, ... страховых взносов», следует представить уведомление с теми же реквизитами КПП, КБК, ОКТМО, отчетного (налогового) периода, месяца (квартала), отчетного года, но с указанием верной суммы исчисленных страховых взносов (налога на доходы физических лиц). Такие разъяснения дают налоговики на своем официальном сайте. А на нашем сайте Вы можете изучить статью, посвященную корректировочным уведомлениям.