Ввозим станок с кодом ТН ВЭД, который попадает под Постановление правительства РФ №372 и...

Да, должны. Несмотря на то, что НДС при ввозе в РФ указанного Вами станка не уплачивается, стоимость станка нужно отразить в декларации по НДС. Как мы поняли, станок ввозится из страны-участницы Таможенного Союза. В этом случае стоимость такого станка отразите по строке 040 раздела 1 декларации "Сумма налога на добавленную стоимость, подлежащая уплате в бюджет в отношении товаров, импортированных на территорию Российской Федерации с территории государств - членов Таможенного союза", утв. Приказом Минфина РФ от 07.07.2010 N 69н (п. 33.3 Порядка заполнения декларации).