Что значит отрицательная зарплата? Я не понимаю. Отрицательное значение Вы начислить ну никак не можете. В крайнем случае может оказаться, что работник Вам что-то должен, и то это редкость, поскольку можно удерживать только какую-то часть от зарплаты, но на начисление налогов и взносов это не влияет.
Что делать, если у работника з/п отрицательная? как заполнять персонифицированный новый отчет ??