Помогите пожалуйста разобраться как сейчас правильно поступить. ИП на УСН 5% без работников....

Если в 3-ем квартале страховые взносы ИП в бюджет не попали, то авансовые платежи не уменьшаются на сумму взносов - см. п. 3.1 ст. 346.21 НК РФ. Т.е. по-хорошему Вы за 3 квартал должны внести аванс 28509 руб. После перечисления взносов в 4-ом квартале и при отсутствии дальнейших отгрузок у Вас образуется переплата по УСН - за год ничего платить будет не нужно, остаток суммы вернете или зачтете в счет будущих платежей. После 1 января эта переплата, как я понимаю, окажется в составе ЕНП. Если за 3 квартал аванс Вы не внесете, то за год у Вас все-равно ничего к уплате по УСН нет: 28509 меньше общей величины взносов, внесенной в бюджет, но придется заплатить пени с суммы 28509 руб. по сроку 25 октября.