Не до конца Вы объяснили свою ситуацию, додумываю сама: Вы освободились от НДС, но кассовый аппарат был неправильно настроен, поэтому в чеке вышел НДС, так все произошло? Если да, то в принципе можно перебить чеки, оформив возврат прихода, а затем - новый приход, уже с правильными реквизитами. Посмотрите вот эту статью, может быть она Вам поможет.
Ситуация такая: ИП зарегистрировано в конце 3 квартала. Вовремя не подали заявление на УСН и вышли торговать на вайлдберис. Вайлдберис выставляет чеки от лица ИП. И соответственно об НДС узнали чуть позже, чем следовало. За 3 квартал еще не сдана декларация и не оплачен НДС, входящий ндс есть. Чеки в таком случае вряд ли получится перебить, так как их выставляет не ип, а вайлдберис за ип. По выручке, конечно, в самом начале, там по итогам трех месяцев еще нет и близко 2 млн. В данном случае уже никак не освободиться от уплаты НДС?
Наверное, не скажу, попробуйте задать свой вопрос на нашем форуме, возможно кто-то из его специалистов сталкивался с подобной ситуацией и сможет Вам помочь.
А если по договору комиссии были продажи и там в чеке выделен ндс, то все, пролетели мимо? даже...