Если у сотрудника не было доходов в каких-то месяцах или их не будет, то вычет в этих месяцах не предоставляется, но право на них у сотрудника сохранится. Вычеты Вы предоставите в совокупном объёме, включая даже те месяцы, когда доходов не было, в том месяце, когда доход появится. Но сделать это можно только в течение одного налогового периода - года.
А вычеты по НДФЛ приостанавливать мобилизованным?