Автомобиль самортизирован, используется. Надо оплачивать транспортный налог по нему?

Транспортный налог не зависит от того, самортизировано Ваше транспортное средство или нет. Базой для расчета налога выступает мощность автомобиля в лошадиных силах, а не его первоначальная стоимость. Так что будете его платить, пока автомобиль зарегистрирован на Вашу организацию.
Я подозреваю, у Вас произошла путаница с налогом на имущество. Это раньше мы платили его не только с недвижимости, но и с других объектов ОС, в т.ч. и с автомобилей, причем расчет велся от среднегодовой стоимости объектов. Там же базой для расчета выступала балансовая стоимость, и когда объект был полностью самортизирован, то налог уже платить было не с чего. Налог на имущество от среднегодовой стоимости мы продолжаем и сейчас платить, но входят туда не так много объектов, а движимое имущество и вовсе выведено из-под налогообложения. Подробности об этом смотрите здесь