Автотранспортное предприятие получила автобусы из бюджета .организация находиться на упрощенной...

Вы сейчас имеете в виду налоговый учет? Если да, то расходы по основным средствам учитываются несколько по другому, об этом читайте в этой статье НО! Чтобы расходы были признаны, их как минимум нужно понести и оплатить. А Вы, как я понимаю, автобусы не покупали и никаких затрат в связи с этим не несли, поэтому оснований для уменьшения налоговой базы у Вас в принципе не возникает.