ООО находится на ЕСХН (доходы минус расходы),удельный вес выручки с/хоз в общем объеме 71,2...

Не буду однозначно утверждать, что налоговики правы, но учитывая, что согласно подп. 1 п. 5 ст. 346.5 НК РФ сельхозпроизводители признают доходы по оплате, требования проверяющих выглядят более чем логичными. А как, например, ИП должны рассчитывать удельный вес от реализации сельхозпродукции, если они бухгалтерский учет в принципе не ведут? У них нет счета 90, а есть только книга учета доходов и расходов, и всё. А методология расчета должна быть одинаковой и у организаций на ЕСХН, и у предпринимателей на ЕСХН. Поэтому я вполне допускаю, что расчет нужно вести исходя из данных налогового учета. Вы также можете узнать мнение по своему вопросу у специалистов нашего форума, возможно оно будет отличным от моего.