У меня машина проставляет № 1. Но я лично не вижу ничего страшного в заполнении счета-фактуры Вашим контрагентом, поскольку такое заполнение не мешает идентификации продавца и покупателя. Лучше всего обратиться с запросом к Вашим налоговикам на местах, чтоб они дали Вам официальный ответ.
К/а указал в строке Документ об отгрузке № п/п 1-1 №... от ....
Является ли это ошибкой, если в сч/ф одна позиция?