Подскажите порядок действий, не совсем пока понимаю как выставлять авансовые счет фактуры. Мы...

Вообще авансовый счет-фактуру нужно оформлять не по запросу клиента, а по мере поступления авансов на расчетный счет. Далее при отгрузке, выписываете новый счет-фактуру именно на факт отгрузки, поэтому не нужно нигде указывать номер авансового счета-фактуры, закон этого не требует. Единственное - не забудьте отразить дату и номер платежно-расчетного документа (платежного поручения) в отгрузочном счете-фактуре, эти же реквизиты, кстати Вы должны были указать и в авансовом счете-фактуре. Но если Вы формируете документы в программе, то обычно все необходимые реквизиты подтягиваются автоматически.