Счёт-фактуру на аванс вам нужно составить 30 сентября. Налоговый кодекс, конечно, допускает составление счёта-фактуры в течение 5 рабочих дней после получения аванса, но тут речь идёт о завершении квартала, на конец которого у вас будет висеть дебиторская задолженность. Поэтому в данном случае я бы не тянула 5 дней после 30 сентября. Начислить НДС с аванса нужно в квартале получения аванса.
Выставил счет на оплату 29 сентября, оплату получил 30 сентября и отгрузку сделали 07 октября. На...