Каким образом можно подать заявление через лк, если ЭЦП оформлена на действующего директора,...

Я так понимаю, налоговая может отказать в регистрации изменений на том основании, что удостоверяющий центр якобы не вправе выдавать ЭЦП лицу, не внесенного в ЕГРЮЛ. В сети можно найти примеры обжалования подобных решений налоговой инспекции. Но Вам же важен результат, так? Поэтому мне кажется, что одним из самых простых способов решения данной проблемы станет заверение подписи нового директора нотариусом. Я лично больше ничего посоветовать не смогу. Также Вы можете обратиться за советом на наш форум Возможно кто-то из его участников, сможет предложить более интересный вариант для Вас.