Подскажите, пожалуйста, ситуация такая Казахстанская авиакомпания Jsc Aircompany Scat оказала...

Согласно пп. 1 п. 1 ст. 146 НК РФ объектом налогообложения по НДС признается реализация товаров, работ или услуг на территории РФ. На основании положений п. п. 1, 28 и 29 Протокола о порядке взимания косвенных налогов и механизме контроля за их уплатой при экспорте и импорте товаров, выполнении работ, оказании услуг (Приложение N 18 к Договору о ЕАЭС -подписан в г. Астане 29.05.2014) взимание НДС при выполнении работ, оказании услуг производится в соответствии с налоговым законодательством государства - члена ЕАЭС, территория которого признается местом реализации работ, услуг. Согласно пп. 2 п. 29 Протокола местом реализации работ, услуг признается территория государства-члена, если работы, услуги связаны непосредственно с движимым имуществом, транспортными средствами, находящимися на территории этого государства-члена.

В данном случае услуга оказан на территории Казахстана, не вижу оснований Вам выступать как налоговому агенту. Сумму "входного" НДС можно принимать к вычету, если он предъявлен по законодательству РФ (п. 2 ст. 171, п. 1 ст. 172 НК РФ, Письмо Минфина от 01.07.2014 N 03-07-08/31595). Указанные Вами суммы должны включаться в прочие расходы организации, связанные с производством и реализацией (пп. 49 п. 1 ст. 264 НК РФ, Письмо Минфина от 18.03.2019 N 03-03-06/1/17684).