На практике я сама с этим не сталкиваюсь, поскольку у меня к одной накладной оформляется одна счет-фактура. Что касается теории, то в статье под которой Вы оставили свой вопрос, этот момент отражен: "Если счет-фактура составлен к нескольким отгрузочным документам, в строке 5а перечисляют их все" и приведен пример записи в строке 5а для такого случая.
В счете -фактуре одна строка. Под нее идет несколько актов КС-2 со своей нумерацией. Как в этом...