Попробуйте отрегулировать данный момент, например с помощью знака "/". Т.е. порядковые номера КС примут значения 12/1, 12/2, 13/1, 13/2, 13/3 и т.д., где 12 и 13 - номера договоров, а /1 , /2, /3 ... - порядковые номера КС в рамках договоров. В 1С это легко делается, но нужно внимательно отслеживать, чтобы программа не "перемудрила" с нумерацией.
На налоговую базу Ваш некорретный номер отгрузки, конечно, не влияет. Поэтому насколько это будет критично при проверке, сказать не могу. Может поговорить с Вашей техподдержкой, чтоб они Вам помогли с нумерацией?
Нумерация КС-2 идет в рамках 1 договора, тогда как в 1С автоматически проставляется сквозная...