Дело, наверное, не в налоговиках, а в Ваших покупателях на ОСН, которые предъявляют НДС к вычету. Для заявления вычета необходимо иметь на руках правильно оформленный счет-фактуру. Вы же им дадите документ устаревшей формы. Как Вы думаете, каково им будет, если налоговики снимут у них вычеты из-за того, что Ваша компания не успела обновить программу? О том, действительны ли счета-фактуры устаревшей формы, очень подробно рассказано в этой статье
Компания не успела обновить программу. Примут ли налоговики в 3 квартале 2021года счет-фактуру ...