А почему нет? УПД совмещает в себе 2 вида документов: накладную торг-12 и счет-фактуру. Отгрузку вам в любом случае оформлять с помощью накладной надо. Если вам удобнее выписывать не накладную, а УПД то я в принципе не вижу никаких проблем. Причём в упд можно указывать признак 1, если документ совмещает в себе передаточный документ и счёт-фактуру, или 2, если документ используется только в качестве передаточного.
Можно выписывать при реализации УПД если ИП на ЕСХН без НДС?