Какие именно коммунальные услуги вы хотите оплатить? За свою личную квартиру? При желании, я думаю, можно. Главное, потом по ошибке не учесть эту сумму в расходах. Если же вы имеете в виду коммуналку за помещение, используемое в принимательской деятельности, тогда не понятно, почему вообще возник вопрос. Тогда однозначно и можно и нужно.
А вы про кого спрашиваете: про мужа или про жену? Когда эти деньги поступили на расчётный счёт ИП, тогда с них и нужно было удерживать налог. Жене на каком основании переводили эти деньги?
Может ли налоговая придраться и потребовать заплатить НДФЛ за жену в данном случае?