Поставщик, Киргизская компания продает Российской компании товар с НДС, т.е. не пользуется льготой...

Согласно пп.3 ст.2 Соглашения между Правительством РФ и Правительством Киргизской Республики от 13.01.1999 "Об избежании двойного налогообложения и предотвращении уклонения от уплаты налогов на доходы" распространяется на налог на прибыль и налог на доходы физических лиц и не регулирует налогообложение косвенных налогов. Ввоз товаров на территорию Российской Федерации признается объектом налогообложения НДС (пп.4 п.1 ст.146 НК РФ). При ввозе товаров на территорию РФ с территорий государств - членов ЕАЭС (к которым относится и Кыргызстан) импортер-собственник товаров должен уплачивать НДС в налоговые органы по месту постановки на учет (п.4 ст. 72 Договора о Евразийском экономическом, п. 13 Протокола о порядке взимания косвенных налогов и механизме контроля за их уплатой при экспорте и импорте товаров, выполнении работ, оказании услуг (Приложение N 18 к Договору о ЕАЭС)).