Можно ли отменить исполнительский сбор вынесенный судебным приставом при погашении долга?

Да, отменить можно, но не автоматически из-за самого факта погашения долга. Дело в том, что исполнительский сбор — это санкция за то, что должник не исполнил требование в срок, который пристав дал для добровольного погашения. Сам по себе факт, что вы в итоге закрыли основной долг, не аннулирует сбор автоматически. Пристав уже зафиксировал нарушение срока и вынес постановление.
Но...... для отмены нужны основания.... Если они есть, например долг погасили в установленный срок, но пристав это не учёл, были объективные, непреодолимые препятствия, пристав нарушил процедуру, отменили сам исполнительный документ или судебный акт.

Напишите заявление с просьбой отменить постановление. Приложите доказательства (выписки, справки, документы, подтверждающие форс-мажор или нарушение процедуры). Пристав может отменить постановление самостоятельно, если увидит ошибку.
Если не поможет - через суд.