Я просто посредник в этой цепи,нашёл свободную машину загрузил транспорт и отправил. В частности...

Нужно чётко разделить в документах, в какой момент вы выступаете как перевозчик (когда везёте сами на своей машине), а в какой — как организатор (когда нанимаете другого водителя). Если смешивать эти роли в одном договоре, налоговая или контрагент могут запутаться и увидеть «схему», которой нет.
Когда вы везёте сами у вас договор перевозки. Вы — перевозчик. В документах (транспортная накладная, акт) вы фигурируете как сторона, непосредственно оказывающая услугу. Вы выставляете клиенту счёт за всю услугу перевозки. В этом случае ваш «процент» — это просто ваша прибыль от этой сделки.
Когда вы нанимаете другого водителя вы выступаете как посредник (агент или экспедитор). С заказчиком заключаете агентский договор или договор транспортной экспедиции. В нём прописываете: вы ищете перевозчика, организуете процесс, а оплату водителю производите за счёт заказчика. В этом случае в доход для налогов идёт только ваше агентское вознаграждение, а не вся сумма от клиента. Вам нужно будет отчитываться перед заказчиком: предоставлять отчёт с приложенными копиями документов от фактического перевозчика (договор, накладная, чек от водителя).