Как оформить совместное решение о присоединении, если и в основном и в присоединяемом обществах...

Единственный участник каждого ООО письменно оформляет решение о реорганизации (в форме присоединения). В решении одного общества будет пункт о том, что оно присоединяется к другому, а в решении второго — что оно принимает к себе первое и, скорее всего, увеличивает уставный капитал. На этом же этапе стороны готовят и подписывают договор о присоединении. В нём детально прописывают все условия: порядок конвертации долей (хотя в вашем случае, поскольку участник один, конвертация формальна — доля просто переходит в основное общество), сроки, порядок правопреемства, вопросы по имуществу и обязательствам.

Далее совместное собрание 2 обществ о реорганизации. На совместном собрании вы оформляете один общий протокол. В нём вы фиксируете решения по всем вопросам повестки (утверждение передаточного акта, внесение изменений в устав основного общества, избрание органов управления и т.п.). При этом в графе «Участники» вы указываете представителей обоих обществ. Поскольку это одно лицо, в протоколе будет одна запись, но с пометкой, что человек выступает от имени двух обществ (например: «Иванов И.И. — участник ООО „А“ и ООО „Б“»). Подпись в конце протокола одна, но важно чётко прописать, от какого общества какие решения приняты.