У меня долгосрочный вклад был открыт в 2022г. сроком на три года. Сбербанк передал сумму...

Для долгосрочных вкладов (срок более 15 месяцев, проценты в конце) с 2025 года действует особое правило (п. 3–4 ст. 214.2 НК РФ). Банк обязан передавать в ФНС данные с разбивкой по годам, за которые начислены проценты. ФНС должна применять необлагаемый лимит (тот самый, который зависит от ключевой ставки ЦБ) отдельно к каждому году. То есть нельзя взять всю сумму за три года разом и вычесть один лимит — нужно распределить доход по налоговым периодам. Если банк передал сводную сумму без разбивки, ФНС технически не может сделать правильный расчёт, отсюда и конфликт.
Банк действительно не всегда охотно выдаёт детализацию «по годам» в ответ на частные запросы, потому что формально он уже передал данные в ФНС. Но это не значит, что он не может скорректировать свою отчётность.
Запросите данные по периодам в банке, с полученными сведениями в ФНС.