Нам же вы объяснили, почему у Вас расхождение в РСВ и 6—НДФЛ. То же самое объясняйте и налоговой. Обязанность по начислению взносов с зарплаты директора на коммерческие организации возложена пунктом 1 статьи 421 НК РФ. А поскольку фактически выплаты отсутствуют, то НДФЛ не возникает. Отсюда и разница.
А как объяснять налоговой расхождения в РСВ и 6-НДФЛ из-за взносов за директора без выплат?