В каких конкретно случаях налоговая может отказать во взаимозачете по налогам

Нужно понимать, о каких налогах идёт речь. Дело в том, что в настоящее время у каждого налогоплательщика есть единый налоговый счёт, с которого налоговая распределяет денежные средства в уплату налогов в соответствии со сроками уплаты. Если какой-то налог не доплачивается, то на ЕНС образуется отрицательное сальдо. Если есть переплата, то на ЕНС образуется положительное сальдо. В любом случае это сальдо общее по всем налогам. Если же речь идёт о каком-то налоге, не входящем в систему ЕНП, тогда возможная причина отказа налоговиков проводить взаимозачёт это отрицательное сальдо на ЕНС. Но это как одно из предположений, точный ответ Вы узнаете, если свяжетесь непосредственно со своими налоговиками.