Сотруднику ошибочно выплачено лишних 20000 рублей ( программная ошибка). Имеет ли право бухгалтерия...

Если действительно именно ошибка программы, а не ошибочно внесенный в нее изначально алгоритм, то да может. Вообще все эти вопросы достаточно спорные, я бы на месте компании подстраховался попросил письменное заявление на добровольное возмещение. Поясню, при последующих разбирательствах суд будет определять счетная это ошибка или нет, четких критериев такой ошибки нет и то что думаю я или вы, может не совпасть с тем что решит судья.