Наша организация обеспечивает сотрудников бесплатным питанием. В трудовом договоре предусмотрено,...

Так как вы указали что это часть заработной платы, выплачиваемой регулярно, полагаю, что да.

"2. Для расчета среднего заработка учитываются все предусмотренные системой оплаты труда виды выплат, применяемые у соответствующего работодателя, независимо от источников этих выплат. К таким выплатам относятся:
г) заработная плата, выданная в неденежной форме;" - цитата из Постановления № 540.