Если аванс поступил первого числа, а отгрузка была третьего числа то строку 5 заполнить надо, а...

Строку 5б нужно заполнить в том случае, если производится отгрузка в счёт ранее выставленного аванса. Причём на этот аванс был выписан авансовый счёт-фактуры и ндс с этого аванса был уплачен в бюджет. В Вашем же случае даже срок для выставления счета-фактуры на аванс ещё не прошёл. И Вы, естественно, его не выставили, поэтому строку 5б Вам заполнять в данном случае не нужно.