Уплачиваем экосбор как производитель (швейное производство). С этого года импортируем полотно. Я...

Нет, не должны.
Но правда только в одном случае - если и полотно и продукция из этого полотна в ходит перечень товаров (ПП 2414) и вы используете это полотно для собственного производства - в этом случае вы указываете импорт полотна как сырье для производства, а по готовой продукции уплачиваете экологический сбор.
Т.е. двойной уплаты возникнуть не должно.