Если Вы попадаете под освобождение по ст. 145 НК РФ, то Вы можете выставлять счета-фактуры с выделенной суммой ндс и затем платить этот ндс в бюджет. При этом Вам необходимо будет сдавать декларацию по ндс с заполненным разделом 12. А при применении специальных ставок выставлять счета-фактуры со ставкой 20% уже вроде как нельзя.
Так вопрос сейчас в том ,не запрещено ли оформлять упд с ндс 22%, если мы пока порог в 20 млн по выручке не превысили ?