Если вы в состоянии спора с налоговой, результатом которого, вероятно, станут доначисления налогов, пеней и штрафов, в бухучете нужно признать соответствующее оценочное обязательство. Это следует из п. 5 ПБУ 8/2010 «Оценочные обязательства, условные обязательства и условные активы» (утв. приказом Минфина от 13.12.2010 № 167н).
Обязательство относится на тот вид расходов и на тот затратный счет, на который относится сумма проверяемого налога. Если это налог на прибыль, обязательство записывают в дебет счета 99. Кредитуется при этом счет 96 (п. 8 ПБУ 8/2010).
Поступать так предписывает Минфин (см. Рекомендации по аудиту годовой бухгалтерской отчетности за 2016 год – приложение к письму Минфина от 28.12.2016 № 07-04-09/78875).