Минфин не раз выражал позицию о том, что в налоговом учете зачет недостач и излишков при пересортице невозможен. Чиновники требуют отдельно отражать излишки в доходах, недостачу в расходах.
См. «Зачет излишков и недостач при пересортице невозможен».
Если вы поступили иначе, ждите обвинений в занижении доходов. Отбиться от них можете попробовать, апеллируя к постановлению АС Московского округа от 08.08.2016 по делу № А40-164384/2015. Суд указал, что взаимный зачет излишков и недостач при пересортице допускается НПА по бухучету (п. 5.3 Методических указаний по инвентаризации, утв. приказом Минфина от 13.06.1995 № 49). И пришел к выводу о том, что в связи с отсутствием соответствующих правил в НК РФ для налогообложения можно использовать бухгалтерские (в силу ст. 11 НК РФ).