Если у вас есть внешний совместитель, и он собирается в отпуск на основной работе, вы также должны предоставить ему оплачиваемый отпуск (ст. 286 ТК РФ).
Если ваш совместитель отработал у вас менее 6 месяцев, предоставьте отпуск авансом.
А если отпуск, заработанный у вас совместителем, меньше отпуска по основному месту работы, то совместитель может взять недостающие дни за свой счет, и вы не должны этому препятствовать.
Помимо самого заявления на отпуск, попросите у совместителя документ, подтверждающий предоставление ежегодного оплачиваемого отпуска по основному месту работы (например, копию приказа об отпуске, справку с основного места работы, выписку из графика отпусков). Такой документ оставьте у себя, приложив его к заявлению совместителя на отпуск.
На это указывает Роструд в своем Телеграм-канале. Подтверждение этому есть и на сайте онлайнинспекция.рф.
Такие разъяснения важны как для работодателя, так и для совместителя, которому не редко отказывают в полноценном отпуске на работе по совместительству.