А что за операцию Вы проводите? Если выплачиваете дивиденды (вопрос оставлен под статьей именно на эту тему), то там никаких льгот и зависимости от сроков владения доли нет. Если же происходит продажа доли, то при владении ею более 5 лет, доход от ее продажи (до 50 млн руб.) в принципе не попадает в декларацию 3-НДФЛ, следовательно никаких кодов льгот ставить не нужно. Почитайте информацию здесь и здесь
А есть пример когда учредитель в ООО более 5 лет , то есть по НДФЛ какие коды льгот ставить