Выкупил организацию, назначил себя руководителем и изменил юр адрес из другого региона на свой...

Если Вы не согласны с доначислениями налоговой, то, наверное, стоит обратиться к грамотному юристу, чтобы он уже представлял Ваши интересы в суде. Тут, конечно, надо понимать, что за проверка была камеральная или выездная, почему так быстро нашлась сумма сразу после переезда. Нюансов много, мы же всей ситуации не знаем. Но в любом случае налоговая будет требовать недоплаченный налог в первую очередь именно с организации.