А разве то, за счёт каких источников оплачено обучение, имеет значение для начисления ндс? Если Вы пользуетесь освобождением по статье 149 НК РФ, то ндс при оказании услуг не начисляется. Если же Вы под освобождение не подпадаете, тогда ндс начисляете в обычном порядке. Я лично так думаю.
Если оплата образовательных услуг производится за счет маткапитала, организация должна платить НДС с этой суммы?