Здраствуйте! Мы юр.лицо, приобрели товар через Купер, продавец был Ашан, оплата была Инстомат...

Товар покупался на физлицо или на юрлицо?
Кассовый чек есть или нет соответственно?
Далее по теме:
ст. 9 Закона о бухучете:
"1. Каждый факт хозяйственной жизни подлежит оформлению первичным учетным документом. Не допускается принятие к бухгалтерскому учету документов, которыми оформляются не имевшие места факты хозяйственной жизни, в том числе лежащие в основе мнимых и притворных сделок.
2. Обязательными реквизитами первичного учетного документа являются:
1) наименование документа;
2) дата составления документа;
3) наименование экономического субъекта, составившего документ;
4) содержание факта хозяйственной жизни;
5) величина натурального и (или) денежного измерения факта хозяйственной жизни с указанием единиц измерения;
6) наименование должности лица (лиц), совершившего (совершивших) сделку, операцию и ответственного (ответственных) за ее оформление, либо наименование должности лица (лиц), ответственного (ответственных) за оформление свершившегося события;
7) подписи лиц, предусмотренных пунктом 6 настоящей части, с указанием их фамилий и инициалов либо иных реквизитов, необходимых для идентификации этих лиц."
Как минимум в отчете по заказу все эти реквизиты есть.
Дополнительно чек инстомат выдал? Ведь так?

Или вопрос таки по 1С, тогда документов поступление товара.

Я действительно не очень понимаю с чем связаны такие сложности в оприходовании товара в 1С или на основании документов отливающихся от обычной накладной. НДС к вомещению вы в любом случае не примете по таким документам.

Агентского договора как такового у Вас нет, он у Ашана, поэтому ангентское вознаграждение можно провести докуметом поступление допрасходов.