Если в КУДИР и соответственно в декларации по УСН отражены только те расходы, которые подтверждены документами, то, на мой взгляд, налоговых последствий для Вас никаких нет. А то, что Вы торгуете, к примеру, товарами, не имеющих документов, то, я подозреваю, здесь Вами должны заниматься уже другие службы, не налоговые.
Какие последствия у ИП на УСН доход минус расход, если затратная часть не вся подтверждается...