Вы написали так, что я не совсем понимаю, о чем идет речь. Что значит "сформировалась в следующем квартале"? Она должна была сформироваться на квартал раньше? Мы формируем счета-фактуры на аванс на дату поступления денег на наш расчетный счет и тогда же начисляем НДС к уплате с поступившего аванса. Если по какой-то причине все это вы сделали позднее, то вам в принципе отвечать налоговикам не нужно, а нужно просто сдать уточненку с доначисленным НДС. Если же я неправильно поняла вашу ситуацию, то опишите ее более подробно.
Счет фактура на аванс сформировалась в следующем квартале. Поступило требование о пояснении от...