Может ли работодатель отказать пройти планвый медицинский осмотр в другом медучереждение за свой...

Если по должности, на которую Вы поступаете предварительный медосмотр обязателен, то работодатель обязан организовать для Вас его прохождение (ст. 69, абз. 14 ч. 3 ст. 214 ТК РФ).
У компании заключен договор с медорганизацией на проведение осмотров, она дала Вам направление. Если вы отказываетесь, она не обязана компенсировать вам прохождение медосмотра в другой медорганизации. Хотя компания может предусмотреть в локальных актах возможность компенсации медосмотра в другой организации.
Следуйте пож. регламенту принятому у Вашего работодателя.