Может ли работодатель уволить после аттестации на соответствие занимаемой должности, если комиссия...

Да могут, на основании п. 3 ч. 1 ст. 81 ТК РФ, но при условии, что аттестация проведена по всем правилам и оформлена документально. Нельзя уволить по этим основаниям только беременных сотрудниц, женщин с детьми в возрасте до 3 лет, одиноких матерей воспитывающих детей до 14 лет.