А Вы счёт-фактуру формируете вручную? Вообще сейчас все программы настроены так, чтобы формировать счёт-фактуру в автоматическом режиме правильно. Честно, я не могу сказать насколько критично будет указание или неуказание первых нулей в номере счёта-фактуры и как на это посмотрят проверяющие.
У меня номер счет фактуры М000936, могу ли я в строке 5а опустить нули и указать № М936?