Да, Вам нужно будет заплатить НДС в бюджет, если Вы выставите счет-фактуру с выделенным отдельной строкой НДС. Такова официальная позиция Минфина - см. письмо Минфина России от 11.01.2018 № 03-07-14/328. Думаю, и суды будут не на Вашей стороне по данному вопросу.
Если покупатель просить дать счет фактуру, мне нужно будет платить налог ?