Сложилась ситуация - после сдачи декларации у ИП ( УСН6%) делали акт сверки с контрагентами и...

А Вы закрыли обязательство клиента, когда он отправил свои деньги на личную карту ИП? Если да, тогда сложно говорить про другие выходы из подобной ситуации. Если же задолженность клиента перед ИП так и продолжает висеть, тогда можно попробовать схитрить (что достаточно рискованно, особенно если в назначении платежа было указано, за что были отправлены деньги, ведь налоговикам ничего не стоит проверить данный факт). Как это сделать? Пусть ИП отправит эти деньги обратно контрагенту и он Вам перечислит их на расчетный счет. Тогда проведете доходы месяцем поступления на расчетный счет предпринимателя.
Но нужно понимать, что ИП могут и не иметь расчетного счета, кто-то осуществляет деятельность и по счету, привязанной к карте физика - насколько это правомерно не скажу, но то, что это не запрещено законом, это точно. Однако данный факт не мешает им правильно рассчитывать свои налоги.